Ο ποταμός Αχέροντας, από τις πηγές μέχρι τις εκβολές του, δημιουργεί στο διάβα του μια εναλλαγή τοπίων με ιδιαίτερο οικολογικό και φυσιολατρικό ενδιαφέρον. Ο ποταμός είναι πλωτός από τις εκβολές του μέχρι τον Μεσοπόταμο – Νεκρομαντείο.
Τόσο οι εκβολές όσο και τα στενά του συγκροτούν ένα αξιόλογο οικοσύστημα, που έχει ενταχθεί στις περιοχές προστασίας της φύσης του δικτύου «ΦΥΣΗ 2000».